南京毗卢寺，位于南京市汉府街，始建于明嘉靖年间，因寺中供养毗卢遮那佛、故名“毗卢庵”。毗卢是“光明”的意思。毗卢遮那佛翻译过来，就是大日如来。他是佛教密宗的本尊，是密宗所有菩萨和佛的最高神明。在金刚界和胎藏界的两部曼茶罗中，大日如来都居于中央位置，他统率着全部的佛和菩萨是佛教密宗世界的根本佛。
据《佛学大辞典》中所说，毗卢遮那佛是如来的法身佛。佛教中常常提到“三身佛”，即法身“毗卢遮那佛”，应身“释迦牟尼佛”，报身“卢舍那佛”。这三尊佛在佛教中有个精妙的比喻，法身佛好比是明月，报身佛好比是月光，应身佛好比是月影。即便是水干了，没有了月影，但月亮还在。可见毗卢遮那佛在佛教中地位之高。
毗卢寺起初只是一个小庵，清咸丰年间毁于战火。后来量宏和尚在此造殿。清同治年间，曾国荃游南岳衡山齐公岩，与海峰法师有戏约“如我督两江，为您造庵”。清光绪十年，曾国荃果真当上两江总督，他不忘自己昔日对海峰许下的诺言，招海峰至南京择地造寺，并与量宏商量，在原毗卢庵址建寺。湘军诸将捐巨资建大雄宝殿、万佛楼和藏经楼等，从衡山运来香木，将原毗卢奄旧址扩大，东至清西河，西至大悲巷，北至太平桥，南至汉府街，又改毗卢庵为“毗卢寺”，造就了南京第一大寺，尊海峰为第一任方丈。
据说乾隆下江南到达南京的第一天晚上，就在毗卢禅院下榻。当晚他吃完斋饭，拜访了104岁的方丈法空大和尚，与其彻夜谈禅说法。他以香客身份在寺内住了三天，处理了很多军政大事，指挥了缉拿白莲教首领“一枝花”的重案，之后才退出毗卢禅院，接受百官的恭迎。